Resumo. Investigou-se reflexões e desafios de licenciandos em ciências da natureza em meio à realização de sequências didáticas potencialmente interdisciplinares no âmbito de programa de residência pedagógica, entre os anos de 2018 e 2020. Participaram do estudo nove licenciandos do curso de licenciatura em ciências da natureza, da Universidade Federal do Vale do São Francisco, campus Senhor do Bonfim, Bahia. As sequências foram realizadas em duas instituições escolares: numa escola municipal que fica localizada na zona rural do município de Campo Formoso e numa escola da zona urbana localizada em Senhor do Bonfim. A coleta de dados foi realizada por meio de análise de conteúdos provenientes de respostas dos licenciandos participantes às entrevistas e a questionário. As análises geraram as seguintes categorias: 1) Ações potencialmente interdisciplinares; 2) Reflexões sobre modificações da proposta; 3) Desafios e dificuldades. Observou-se preocupações com metodologias de ensino, interação com professores, adaptações no tempo escolar e engajamento dos estudantes das escolas.