Resumo. Os fungos são considerados os principais microrganismos associados e transmitidos via semente na cultura do milho, podendo provocar problemas de germinação, de emergência de plântulas e podridões radiculares e da base do colmo. O objetivo deste trabalho foi avaliar a ocorrência e a incidência de fungos em sementes de milho tratadas com fungicidas e comercializadas no estado de Santa Catarina e Rio Grande do Sul, na safra agrícola de 2006/07. Foram analisadas 224 amostras de milho, sendo 74 do Rio Grande do Sul e 150 de Santa Catarina, enviadas por produtores, cooperativas e revendas, ao Laboratório de Fitopatologia do CAV/ UDESC. De cada amostra foram plaqueadas 100 sementes (quatro repetições de vinte e cinco sementes) em meio de cultura contendo batata-dextroseágar+ antibiótico. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado. O material foi incubado em câmara de crescimento com temperatura de 25oC e fotoperíodo de 12 h durante 10 dias. A incidência dos fungos foi feita com base na identificação das colônias e/ou estruturas dos patógenos. Do total analisado, 70,5% foram tratadas com fludioxonil+metalaxil, 2,4% com fludioxonil+metalaxil+benzimidazol, 10,4% com fludioxonil+metalaxil+captana, 5,5% com fludioxonil+metalaxil+carboxina+tiram, 9,8% com captana e 1,4% com tiram. Os fungos Fusarium verticillioides, Penicillium spp., Aspergillus flavus, Trichoderma spp., Cephalosporium sp., Fusarium spp., Rhizopus spp., A. niger, Alternaria spp., Nigrospora sp., Stenocarpella maydis, Rhizoctonia sp., Bipolaris sp., Curvularia sp. e Acremoniella sp. foram identificados e apresentaram, respectivamente, os seguintes valores de freqüência média de ocorrência: 86,6%, 69,6%, 63,8%, 23,7%, 23,7%, 17,9%, 13,4%, 11,2%, 2,7%, 3,6%, 2,7%, 0,9%, 0,9%, 0,5% e 0,5%. As maiores incidências foram obtidas para os fungos F. verticillioides, Penicillium spp. e A. flavus com valores médios de 14,0%, 12,4% e 8,4%, respectivamente. Os resultados obtidos indicaram que o tratamento de sementes com fungicida realizado pelas companhias de sementes não erradicou os fungos causadores de deterioração de sementes e de podridão da base do colmo.