Resumo. A intensificação dos sistemas de cultivo no Estado de Santa Catarina transformou a piscicultura em uma atividade zootécnica de bons resultados econômicos para o produtor. Apesar disso, pouca informação se dispõe sobre as enfermidades que acometem os organismos aquáticos, fato que pode inevitavelmente, reduzir ou até anular completamente os benefícios de toda uma produção. A finalidade deste trabalho foi verificar a ocorrência de Yersinia ruckeri, Aeromonas salmonicida e Flavobacterium columnare, causadoras de doenças graves em trutas e também identificar as possíveis bactérias presentes nos órgãos de trutas aparentemente sadias. No período de agosto de 2002 a julho de 2003 no Laboratório de Microbiologia do Centro de Ciências Agroveterinárias de Lages, foram examinados mensalmente 30 fígados e rins de trutas de três Unidades de Produção. Por ocasião da coleta dos peixes, foram obtidos dados referentes à temperatura, pH e oxigênio dissolvido da água dos tanques. No laboratório as trutas foram sacrificadas e necropsiadas, observando suas estruturas internas e externas. Amostras de fígado e rim foram semeadas em placas de Ágar Citofaga, Ágar Shotts-Waltman, Ágar Mac Conkey e TSA suplementado com 7% de sangue bovino, sendo incubadas a 25°C até quatro dias. Os valores encontrados na análise da água foram considerados apropriados para o cultivo de trutas. A identificação dos microorganismos isolados foi feita pelo sistema miniaturizado Bac-Tray (Inlab) e API (bioMérieux). As amostras analisadas não revelaram presença de Y. ruckeri, A. salmonicida e F. columnare, porém isolou-se bactérias consideradas potencialmente patogênicas como: Aeromonas hydrophila (3,0%), Plesiomonas shigelloides (2,5%), Hafnia alvei (0,6%) e Edwarsiella tarda (0,3%). Os demais agentes bacterianos isolados não são descritos na literatura como causadores de doenças em peixes. Com relação à ocorrência de trutas infectadas, a Unidade de Produção A foi de 19,2%, enquanto que na B e C foi de 16,7%.