Resumo. Objetivou-se avaliar prevalência de cistos ovarianos em vacas leiteiras de alta produção, no pós-parto, submetidas ao regime de dieta total em três sistemas diferentes: Compost Barn, Free Stall e confinamento a céu aberto no sudoeste do estado de Goiás. Foram avaliadas 1600 vacas, HPB, de sete rebanhos, das quais 792 (49,5%) estavam vazias e com atraso nos protocolos reprodutivos. Ao exame ultrassonográfico o escore ovariano foi classificado em: Grau 1 (61,4%), Grau 2 (18,1%), Grau 3 (4,0%) e Cistos Ovarianos (16,5%). Quanto ao sistema de produção as prevalências de cistos foram: 16% no Free Stall, 17,2% no Compost Barn e 16,2% no confinamento a céu aberto, diferenças somente numéricas, mas não significativas estatisticamente. 84,7% (n=131) dos animais estavam em anestro, na presença do diagnóstico cisto folicular. 67,7% desses animais, situavam-se entre 60 a 180 dias pós-parto. Divididos em 27,5% entre 60 e 90 dias, 24,5% entre 91 e 120 dias, 15,5% entre 121 e 150 dias e 32,5% entre 151 e 500. A prevalência dos cistos em função do número de lactações foi: 29,8% na primeira, 26,7% na segunda, 24,4% na terceira, 5,3% na quarta, 4,6% na quinta e 9,2% na sexta, resultados estatísticos significativos para maior ocorrência de cistos nas três primeiras lactações. Quanto ao escore de condição corporal 62,6% das vacas com cisto ovariano mostraram-se com escore entre 2,0 a 2,5, 25,2% entre 2,6 a 3,0 e 12,2% entre 3,1 a 4,0, resultados significativos, e a chance de vacas em balanço energético negativo desenvolverem cistos foi 5,1 vezes maior, quando comparadas com animais em escore corporal ideal. Os cistos foliculares apresentam-se com elevada casuística em vacas de alta produção leite, impactando em subfertilidade e prejuízos importantes na pecuária leiteira mundial, assim, faz-se necessário outros estudos visando o desenvolvimento de medidas preventivas mais eficazes no controle deste quadro.