Resumo. En éste trabajo, seis poblaciones nativas (55 árboles) de Triplaris guayaquilensis Wedd (Fernán Sánchez), una de las principales species forestales de Ecuador, se sometieron al análisis morfológico y genético con AFLPs (polimorfismos en la longitud de los fragmentos amplificados). Las poblaciones se colectaron a través de dos macro-sitios (Litoral Central: Quevedo, Ventanas, la Guayas; Estribaciones de los Andes: la Maná, Patricia Pilar, Pichincha). Las poblaciones exhibieron las siguientes características: fuste recto (66 %); forma de la copa irregular y redonda (50 %); ángulo de inserción de las ramas de 0° a 30° (86 %). Cuatro características cualitativas (forma del fuste, tipo de terminación de hojas, ancho de hojas y pubescencia de las hojas) y cuatro cuantitativas (altura comercial del árbol, área basal, volumen comercial y volumen total) fueron las más explicativas de acuerdo con el análisis de componentes principales (ACP). El ACP separó las poblaciones en dos grupos: uno incluyó poblaciones del Litoral Central, con características morfológicas alta y positivamente correlacionadas con la producción de madera y, el otro, con poblaciones con crecimiento de árboles menor provenientes de las estribaciones de los Andes. Las poblaciones del Litoral Central mostraron los mayores valores de diversidad genetic y los marcadores AFLP separaron dichas poblaciones con base en el macrositio de origen. Para un valor K = 2 el análisis Bayesiano separó las poblaciones de FS en dos grupos: dos poblaciones de la región Litoral Central y las otras cuatro de la región de las estribaciones de los Andes (3) y una del Litoral Central (La Guayas). Para valores K mayores fue evidente la fragmentación genética de las poblaciones de acuerdo con el origen pues para K = 5 se formaron cuatro grupos: uno incluyó poblaciones de Quevedo y Ventanas y otro de La Guayas (Litoral), un tercer grupo incluyó árboles de La Mana y Pichincha y un cuarto grupo, de Patricia Pilar (estribaciones de los Andes). Los resultados sugieren la constante y efectiva recombinación genética o flujo genetic entre y dentro de poblaciones de Fernán Sánchez con una tendencia clara hacia la diferenciación genética.