Resumo. Odonata é uma importante ordem de insetos hemimetabólicos com grande representação popular. As larvas são aquáticas e podem colonizar ambientes lóticos e lênticos. O objetivo deste estudo foi verificar a distribuição de larvas de Odonata em diferentes substratos, caracterizar o padrão de distribuição destas larvas e verificar a preferência por micro-habitat dos indivíduos em relação aos substratos em um trecho do Rio Marambaia, na Ilha da Marambaia, Rio de Janeiro. A Ilha da Marambaia está localizada na Baía de Sepetiba sendo uma importante área de Mata Atlântica preservada, que se encontra sob jurisdição do corpo de Fuzileiros Navais. Coletas mensais foram realizadas entre os meses de julho/2018 a junho/2019, em três áreas de 100 m, ao longo de um trecho contínuo de 1 km. Coletas manuais foram realizadas em cinco diferentes substratos: areia, folhiço de fundo, folhiço retido, rocha fixa e rocha rolada. Foram coletadas 154 larvas, identificado e distribuído em seis famílias e seis gêneros: Limnetron (Förster, 1907) (Aeshnidae) (n = 14), Argia (Rambur, 1842) (Coenagrionidae) (n = 105), Brechmorhoga (Kirby, 1894) (Libellulidae) (n = 5), Progomphus (Selys, 1854) (Gomphidae) (n = 7), Heteragrion (Selys, 1862) (Megapodagrionidae) (n = 18), Perilestes (Selys, 1862) (Perilestidae) (n = 5). O trecho com maior abundância foi o Trecho 2. Argia foi o gênero mais abundante (68,2% das amostras) e a sua preferência foi pelo substrato rocha; Heteragrion, Limnetron e Perilestes demonstraram ter preferência por substratos com folhiço; Brechmorhoga e Progomphus por substratos com areia, corroborando com dados citados na literatura.