Resumo. Os fungos endofíticos são microrganismos que durante seu ciclo de vida invadem os tecidos vegetais sem causar nenhuma patologia, atuando como agentes controladores de microrganismos fitopatógenos, além de funcionar no controle de insetos e até protegendo as plantas de herbívoros. O presente trabalho teve como objetivo analisar a micobiota endofítica isoladas das plantas medicinais e aromáticas. Os fungos endófitos podem penetrar as plantas hospedeiras principalmente pelos estômatos, ferimentos e raízes colonizando-as, os quais podem se tornar novos produtos farmacêuticos e também podem ser utilizados como agentes de controle biológico. Dos 47 isolados de fungos endofíticos 21 apresentaram atividade proteolítica havendo predominância do gênero Colletotrichum. A espécie Guignardia bidwellii teve o maior índice enzimático, tato nas atividades proteolíticas como amilolíticas. Com relação a atividade amilolítica, dos 47 isolados de fungos endofíticos, 24 ouve predominância do gênero Nigrospora. Uma vez identificada a ação proteolítica e amilolítica dos fungos endofíticos da hortelã e manjericão, tem-se novas perspectivas, em relação ao potencial biotecnológico.