Resumo. No estado de Santa Catarina predomina na sua totalidade o cultivo de arroz irrigado e a água utilizada para a irrigação destas lavouras em sua maioria são retiradas diretamente de cursos de água. A região da Bacia Hidrográfica do Rio Mampituba tem sua economia baseada no cultivo do arroz irrigado, cujas plantas são sensíveis à salinidade. O presente trabalho objetivou determinar a flutuação de salinidade na água do Rio Mampituba (Sul do Brasil) utilizada para irrigação na lavoura arrozeira durante as quatro estações do ano. Para a determinação da salinidade foram realizadas coletas de água em seis locais no percurso do rio, desde sua nascente até a foz. Em cada local foram coletadas três subamostras de água com intervalo médio de 15 dias iniciado em maio de 2016 e finalizado em abril de 2017 e analisada a condutividade elétrica (CE). A caracterização do dano por salinidade em plântulas de arroz foi realizada nas cultivares IRGA 417 e EPAGRI 106. As plântulas foram transplantadas para solo inundado com diferentes concentrações salinas no estádio S2. A CE ao longo do período avaliado variou de 224 a 20.120 µS cm−1 e foi maior nos pontos mais próximos ao mar. Os maiores valores de salinidade foram observados entre os meses de novembro de 2016 e janeiro de 2017. Foi possível observar relação inversa entre a precipitação e a salinidade. A salinidade causa danos as plantas de arroz sendo os principais danos observados em plântulas. Estes danos foram clorose da ponta do limbo foliar, enrolamento foliar e necrose de folhas velhas. É importante que os orizicultores saibam como é a flutuação da cunha salina dentro do estuário, além de quais níveis incidem em cada local e em cada época do ano.