Resumo. Os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) e a população microbiana do solo ocupam papel de destaque em amenizar os efeitos causados pelo estresse hídrico em diversas culturas, entretanto se faz necessário estabelecer parâmetros sobre a dinâmica da interação desses microrganismos com as plantas em condições de estresse. Diante do exposto, o trabalho teve por objetivo avaliar a micorrização e a respiração microbiana do solo cultivado com mudas de maracujá amarelo e pinhão manso submetidas a diferentes níveis de água. O experimento foi realizado em vasos na casa de vegetação localizada na Universidade Estadual de Goiás, unidade de Ipameri. O delineamento utilizado foi inteiramente casualizado, e analisado em um esquema fatorial 2 x 7 sendo duas espécies de plantas (maracujá e pinhão manso) e sete níveis de fornecimento de água (25%, 50%, 75%, 100%, 125%, 150% e 175%) em relação a capacidade de campo (CC) do solo com cinco repetições, totalizando 70 parcelas experimentais de cultivo. Foram avaliadas a respiração microbiana do solo (RM), número de esporos micorrízicos (ESP) e colonização micorrízica (CM). Em termos de RM os solos responderam de forma distinta a alteração da umidade do solo, onde a microbiota do solo com pinhão manso se mostrou mais adaptada até aos 175% da CC que do maracujá. A condição de excesso hídrico provocou uma diminuição no ESP do solo de ambas a culturas, porém com efeito sendo mais significativo na cultura do maracujá que apresentou uma média de 77,2 esporos 50 g-1 de solo. A CM do pinhão manso e do maracujazeiro foram afetadas negativamente com o aumento dos níveis de umidade do solo, porém o pinhão manso apresentou em média uma taxa de CM 38,5% maior que o maracujá. De maneira geral a microbiota do solo e os FMAs sob mudas de pinhão manso responderam melhor ao estresse hídrico.