Resumo. Este trabalho foi conduzido com o objetivo de estudar a prevalência das espécies dos gêneros Eimeria e Isospora em suínos do município de Videira, Santa Catarina. Foram coletadas, mensalmente, no período de agosto de 2001 a julho de 2003, fezes do reto de animais. As coletas totalizaram 1150 amostras, sendo 290 de fêmeas secas, 300 de fêmeas em gestação, 300 de fêmeas em lactação e 260 de leitões com idade entre sete e 20 dias e de ambos os sexos. As amostras foram acondicionadas em sacos plásticos devidamente identificados e enviados em caixa de isopor com gelo ao Laboratório de Parasitologia e Doenças Parasitárias da Universidade do Estado de Santa Catarina, Lages- SC, onde foram submetidas à técnica de centrífugoflutuação em açúcar modificada e analisadas em microscópico óptico. As amostras positivas foram colocadas individualmente em recipiente de vidro, com solução de bicromato de potássio 2,5% e mantidas em câmara climatizada do tipo BOD, regulada à temperatura de 27  1ºC e umidade relativa superior a 70% e escotofase para esporulação dos oocistos. Estes foram concentrados utilizando-se novamente a técnica de centrífugo-flutuação e identificados. Das 1150 amostras analisadas, 40 apresentaram oocistos de coccídios, prevalência de 3,48%. Foram identificadas sete espécies de Eimeria: E. neodebliecki, E. debliecki, E. suis, E. porci, E. scabra, E. perminuta, E. spinosa e uma espécie de Isospora: I. suis. A maior prevalência de E. neodebliecki foi em fêmeas em lactação (4,33%) e em leitões (5,77%) e de I. suis em leitões (5%). Dos 691 oocistos identificados, 60,49% (418/691) foram do gênero Eimeria e 39,51% (273/691) de lsospora. As espécies E. neodebliecki e I. suis foram as que mais contribuíram totalizando 39,36% e 39,51% dos oocistos, respectivamente.