Resumo. O International Life Sciences Institute (ILSI) e a Empresa Brasileira de Agropecuária (EMBRAPA) realizaram um workshop para reunir cientistas do governo, da indústria e da academia, com o intuito de discutir o processo de formulação de problema para o levantamento de risco ambiental (LRA) de culturas geneticamente modificadas (GM). O workshop se concentrou na aplicação do conhecimento científico vigente do LRA para as culturas GM, presentes no meio ambiente brasileiro. Devido às características peculiares e à importância econômica que a cana-de-açúcar e o algodão representam para a economia e o meio ambiente brasileiro, estas culturas foram utilizadas como modelos para estudos de caso, onde os conceitos discutidos foram aplicados à luz da Resolução Normativa Nº05 (RN05) da Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio). O objetivo deste documento é sumarizar as conclusões obtidas durante este workshop.